El Consejo Directivo es el máximo organismo orientador para la dirección general del Colegio en el marco de su Proyecto Educativo Institucional, y está conformado por el Rector, el Director Académico, el Director de Bienestar Estudiantil, el Director de Pastoral, el Director Administrativo y Financiero, el Asistente de Rectoría, tres profesores (no padres ni acudientes, representantes de los ciclos académicos), dos representantes de los padres de familia, un jesuita en representación de la Compañía de Jesús, un representante del personal administrativo, el Presidente del Consejo de Estudiantes y el Presidente de la Asociación de Antiguos Alumnos (A.S.I.A. San José).
