El Consejo Directivo es el máximo organismo orientador para la dirección general del Colegio en el marco de su Proyecto Educativo Institucional, y está conformado por:
• El Rector, quien lo convoca y preside.
• El Director Académico.
• El Director de Bienestar Estudiantil.
• El Director de Pastoral.
• El Director Administrativo y Financiero
• Tres profesores, no padres ni acudientes, representante de Preescolar, Primaria y Bachillerato.
• Dos representantes de los padres de familia, elegidos de acuerdo con lo estipulado en el Decreto 1286 de abril 27 de 2005 del Ministerio de Educación Nacional.
• Un jesuita en representación de la Compañía de Jesús, nombrado por el Provincial de la misma en Colombia, en caso no haber ningún miembro de ella en cargos directivos del Colegio.
• Un representante de la Administración del Colegio.
• El Presidente del Consejo de Estudiantes.
• El Presidente de la Asociación de Antiguos Alumnos (A.S.I.A. San José).
• El Asistente de Rectoría, quien hará las veces de secretario del Consejo.