De puertas abiertas, la Rectoría controla el funcionamiento general del Colegio San José.

Junto a la oficina del Rector funcionan la Asistencia de Rectoría, Gestión Humana, Comunicaciones y Promoción Institucional, Gestión de Calidad, Seguridad y Salud en Trabajo, Secretaría de Rectoría y Recepción. 

Otros órganos que colaboran a la Rectoría son los consejos directivo, ejecutivo y de padres. 

Ver más acerca de la Rectoría, a continuación: