El ICONTEC (Instituto Colombiano de Normas Técnicas) y IQNET (Red de Certificación Internacional) otorgaron al Colegio San José de Barranquilla en el 2012 la recertificación del Sistema de Gestión de Calidad bajo la norma ISO 9001 en la versión 2008, la cual corresponde al  diseño y prestación de servicio de educación formal para los niveles de Preescolar, Básica Primaria, Básica Secundaria y Media Académica.

Esta recertificación, vigente hasta el mes de abril del 2015, es una muestra de la calidad de la educación impartida a los estudiantes del Colegio y reafirma el compromiso de los funcionarios de la Institución para brindar una formación integral con criterio de excelencia.